明代的南京城，在清代习惯上称之为江宁省城，为江南省的省会，同时也是江宁府的府城，其附郭县为江宁、上元两县，今天的南京市辖区，大致相当于清代江宁府的辖区。
清代江宁城的布局大致沿袭了明南京城的旧有模式，即城南为居住、商业区，城北为军事、文教区。与明代有所不同的是，清代将明皇城改建为满城，使城东由政治区转变为军事区域。
清代江宁城的主要街区与大部分人口集中分布在城南部，特别是大中桥至石城门一线以南的区域。
江宁城内设置有省、道、府、县等各级地方行政机构，并驻扎着八旗、绿营军队，建有大量文武官署。总督署及绿营武将衙署多集中于城中部，布政司、府、县衙署则主要位于城南人口稠密地区。
在城市管理方面，县级机构以下，设有坊厢、保甲等基层社会组织，起着征派赋役、维持治安的作用。清代前期，江宁城内的保甲组织一度松弛，至乾隆年间才进行较严格的编查。
清代江宁府及上元、江宁两县的职官数量十分有限，在管理纷繁复杂的城市事务时，常显得捉襟见肘。以维持治安为例，江宁城内的巡查、捕盗事宜由江宁城守营、江宁府南捕通判、北捕通判、上元知县、江宁知县等具体负责。
而按清代官制，南、北捕通判均无经制属员，上、江两知县属下也仅设县丞一名、典史一名。各衙门的具体事务实际上大多由国家经制之外的胥吏、差役等完成。
雍正年间，江宁当局即曾在城内街巷“添设栅栏，责成居民轮流看守”。胥吏和差役“不是国家的正式工作人员，不享受俸禄和升迁待遇，也不接受严格的考核。虽然他们只是从百姓中佥派或雇募的役，但其行为却代表官府。
这种非官非民的模糊身份，使他们不能受到国家机器内制度的约束，也不可能受到来自百姓的监督，因为他们的半官方身份使他们凌驾于百姓之上”。
除人员方面的困扰外，清代城市管理还面临着经费短缺的问题，地方府县征收的赋税大多送往中央，地方存留甚少。经费的不足，使地方政府难以进行大规模的工程与基础设施建设，在文化教育、社会治安等方面的投入也十分有限。为应付各项公共事业的巨大开支，地方官往往要另寻财源。
如嘉庆二十五年(1820)，当局鉴于“江宁省城钟山、尊经两书院及普济堂，岁支经费每形短绌，必须宽筹息本，俾寒士贫黎藉资教养。又有冲途道路桥梁均有坍缺，应修及虽经估修尚有例价不敷，难以告成之工”。
遂将罚没入官的银两8万两贮存江宁藩库，“即赏充省城书院、普济堂不敷经费及修补冲途道路桥梁工用”。
提高河水的冲刷能力，也是治理秦淮河污染的一个方法。1882年冬，总督左宗棠第一次在通济门外安装一座石闸，目的在于束水人城，确保冬天或者旱季秦淮河道的水量，“使城中之居浊流者，一变而为共挹清流”。
不过，城外百姓对此则是怨声载道。战后初期，还进行过不少小规模的水利建设，但多为河道局部疏浚、修建涵洞水闸等工程。城外如水西门外河、仪风门外河、上新河、三汊河、北河口河道、大胜关新河等等，也曾先后得到过整治。
