大明嘉靖年间，连年灾荒，战事频仍。嘉靖三十九年的冬天一冬无雪，腊月二十九，钦天监监正周云逸因谏言“朝廷开支无度，官府贪墨横行，民不聊生，天怒人怨”，而遭廷杖，被东厂提刑太监冯保打死在午门之外。嘉靖四十年正月初一，二十年不上朝的嘉靖帝朱厚熜不得不违心地下罪己诏，在西苑玉熙宫斋戒祈雪。
嘉靖四十年的年度财务会议于正月十五在西苑玉熙宫召开之前，终于天降瑞雪。面对宫中开支过度和严党等诸多官员上下贪墨造成的巨大国库亏空，一场由内阁次辅兼户部尚书徐阶、户部侍郎高拱、兵部侍郎张居正与内阁首辅严嵩及严嵩之子吏部工部侍郎严世蕃和代表嘉靖帝的司礼监五大秉笔太监的激烈斗争在御前财政会议上发生了。与此同时，嘉靖帝之子裕王朱载垕为嘉靖帝生下了第一个皇孙，这改变了嘉靖帝进一步追究周云逸后台的态度。在嘉靖帝的首肯下，一项由严党提出的增加丝绸生产，扩大进出口贸易以填补国库亏空，而旨在进一步兼并百姓田地的所谓“改稻田为桑田”的国策，决定在浙江推行……
大明王朝1566第2集剧情介绍嘉靖帝第一位皇孙的诞生，使朝局的平衡发生了微妙的变化。司礼监掌印太监吕芳敏锐到裕王迟早将入主大内，借机以嘉靖帝的名义将冯保派到裕王府做皇孙的大伴，为日后做好打算。
大明王朝1566剧照身为朝廷正义一派的代表，裕王的师傅和侍读徐阶、高拱、张居正也感觉到倒严的时机到了，同时为了抵制严党借改稻为桑之名行土地兼并之实给浙江百姓带来灾难的所谓国策，和裕王商议，将裕王府詹事谭纶派往浙江，争取浙直总督兼浙江巡抚胡宗宪稳定大局。
他们的分析被不幸言中了，严党提出的国策一开始在浙江推行，就给百姓带来了巨大的灾难。淳安大堤上，浙江布政使郑泌昌和浙江按察使何茂才不顾百姓缺粮的事实，唆使杭州知府马宁远带兵与淳安知县常伯熙、建德知县张知良不惜断水、踏苗毁田，逼迫百姓改稻为桑。浙江总兵戚继光奉胡宗宪之命撤回军队，但终因事态发展严重，以桑农齐大柱为首的百姓还是围住了总督衙门。
江南织造局内，织造局兼浙江市舶司总管太监杨金水和严党在浙江的党羽布政使郑泌昌、按察使何茂才果然认为一次既能讨好朝廷又能大发横财的机会到了。与外国客商签下了大批丝绸买卖协议，力推“改稻为桑”。身为浙直总督又是严嵩学生的胡宗宪，深知这一“国策”将在浙江引起内忧外患，上疏朝廷缓办严党力推的“改稻为桑”。奏疏落到严党手中，严世蕃和严党在朝中的重臣认为胡宗宪是受了谭纶的游说，意在投靠裕王，欲狠手打击，严嵩也陷入了困境，斗争日趋复杂。
大明王朝1566第3集剧情介绍嘉靖帝到裕王府看皇孙了，这唤起了他淡漠已久的亲情，并将十万匹丝绸赏赐给了李妃，还破天荒留在裕王府吃了斋饭。严嵩借机通过吕芳向嘉靖帝递送胡宗宪的奏折以试探嘉靖帝的态度。严世蕃急于功成，私自驳回了胡宗宪的奏折，密信郑泌昌、何茂才趁端午汛期掘开新安江九县堤坝的闸门，毁堤淹田，以贱价兼并灾民的田地。
收到批复的胡宗宪明白当初谭纶不来，自己还可以向严嵩进言，也可以向嘉靖帝上奏疏说明事由，事缓则圆，大势尚有转圜的余地。但因为谭纶，胡宗宪便成了党争之人!谭纶在浙江已使胡宗宪处于两难境地，严党乱政，浙江必乱，于是胡宗宪劝说谭纶先前往戚继光大营，以稳定军心为要。
代表宫里的江南织造局总管太监杨金水和郑泌昌、何茂才会同丝绸巨商沈一石准备贱买灾民土地。大汛一到，受他们指使，杭州知府马宁远带淳安知县常伯熙、建德知县张知良背着胡宗宪掘开了新安江九县堤坝的闸门，九个县面临被淹的危险。得知大堤决口，胡宗宪率戚继光、谭纶调兵亲临大堤，和以齐大柱为首的民众奋力抗洪，最后被迫在淳安县和建德县分洪。淳安建德遭受重灾，另外七县幸免于难。这给严党兼并九县土地的企图受挫。
大明王朝1566第4集剧情介绍胡宗宪追究灾情，杨金水郑泌昌和何茂才无法交待，推出马宁远、常伯熙、张知良、李玄顶罪。胡宗宪明白局势严峻牵连颇多，秘密提审了马宁远，为稳定大局先斩后奏，斩了马宁远、常伯熙、张知良、李玄。又上疏朝廷，请求缓办“改稻为桑”，并怀揣马宁远的供状，准备进京面圣。
浙江事发，严世蕃和罗龙文、刑部右侍郎鄢懋卿不得不向严嵩报告了毁堤淹田之事，得知内情的严嵩暗自叫苦，决定马上进宫面见嘉靖帝。嘉靖帝下旨召见吕芳、严嵩、裕王三方的人员杨金水、胡宗宪、谭纶暗问详情。
此时，杨金水奉诏入京，却不知将发生什么事情……
