刘公公查皇后之死的案件，抓住了逃走的彩月，却不想彩月被贼人用冰魄梅花镖所害，彩月藏起来的皇后遗书被刘公公底下的小太监发现并藏了起来。
梅妃亲自审问凤儿，雪儿和燕儿，要她们把谋害皇后的经过一五一十的招来，燕儿急于撇清关系，凤儿也说当日去坤宁宫的只有她一个人，跟燕儿雪儿没有关系，但是梅妃就是咬死了她们三个那晚互相勾结逼皇后吃下了毒药。
此时刘公公出现，梅妃表示坤宁宫的宫女已经招认，就是凤儿等人合谋害人的，还拿出了供词，但是却没有物证，梅妃为了让凤儿等人认罪画押，不管刘公公的反对，甚至用上了私刑，但是凤儿等人拒不招供，凤儿希望梅妃放过燕儿雪儿，自己来担责任，梅妃却要砍了凤儿的手。
关键时刻，皇上来了，怒骂梅妃，梅妃委屈，刘公公的手下呈上雪儿的玉佩证明雪儿的无辜，皇上下令让梅妃放了凤儿三人，太后这时候出现，只让放雪儿一人并带走了皇上。
太后对于此事心存芥蒂，梅妃的丫鬟心生建议，收拢燕儿，太后觉得此事可行。梅妃许诺燕儿如果背叛她的主子就可以放她出去，燕儿发誓今后只为梅妃和太后办事。
龙凤店传奇第二季第12集剧情介绍燕婕妤被无罪释放，在牢里的只有凤儿一个人了，她突然回忆起当时和皇上一起，牵手跳崖的事，十分伤感。而皇上也在担心凤儿的安危，刘公公那边事情已经办理妥当，他让小贵子将杀害皇后的罪名担了下来。
朝堂上，小贵子将罪名推到了太后娘娘身上，皇上下令要放凤儿出来。谁知这时燕婕妤站了起来，指出了小贵子话中的错误，并质问小贵子幕后主使是谁，小贵子十分害怕，拿起离心散整包吞下，死在了朝堂上。
太后说刘公公办案不利，刘公公说小贵子畏罪自杀，朝堂上太后刘公公各执一词，皇上将尚方宝剑赐于燕婕妤，让她全权负责皇后的案子。皇上一整天没有用膳，看到刘公公命人送来的酸梅汤想起了以前凤儿做给他的酸梅汤，决定今天一定要救出凤儿。
当他来到监牢里，却看见割腕自杀倒在地上的凤儿。皇上连忙救起了凤儿，带到凝华宫，皇上看着凤儿手上的伤，心里很不是滋味。皇上让凤儿相信他，他一定会把凤儿带出去的。
这时，太后带着梅妃来到了凝华宫，太后是来提醒皇上关于凤儿这件事，皇上表示关于皇后被杀一事一定会给文武百官一个交代的。
