在南京民间流传着这样一个传说，传说当年朱元璋出殡之后，每到夜里，朱元璋陵墓里面就会传出一个女人的哭声，特别是在深夜，那哭声凄凉悲苦。有大胆的百姓，夜里就组织着去孝陵的地宫口处打听究竟，在女人时断时续的哭声中，他们这才知道了原委。
这得从谜一般的朱元璋的死亡时间及墓葬所在地说起。对于朱元璋到底是哪天死的?按说这是很清楚的事情，为什么史书上要写得模糊?这与朱允炆给朱元璋选择下葬时间不当，“嫌其太速，事理有不尽然者”，为掩人耳目啊，故意混淆是非。
根据《明皇大政记》等史书的记载，堂堂一位开国之君，死后几天即下葬了，那么多分封在外地的王子都没有赶回来啊!这正常么?所以，朱棣在听说侄儿把他老子匆匆埋了后，十分恼火。
谈迁的《国榷》记载，“燕王入临，将至淮安”，以为父亲奔丧为名，要找朱允炆讨说法，这为以后篡位找到了第一理由。《明皇大政记》记载，“故燕王移檄，亦有此句，且指以为罪。则葬之的据甚明。”
除此之外，民间还有一个说法，来验明这个观点。据说当年孝陵内每到夜里就传出一个妇人的哭声，原来这是马皇后的哭声，后来大搞法事才没有了哭声。马皇后为什么要哭?
说是一人空守一座孤坟，悲伤所致啊，“后来孝陵传夜哭，应缘马后悲孤独”，即是这个说法，也有人认为是那些惨死的妃嫔。朱允炆遵遗诏、依古制，凡没有生育过的后宫嫔妃，皆令殉葬。
